وُلد أغناطيوس في القسطنطينة متحدراً من الأسرة المالكة وتربَّى على محبة الله والفضيلة.
ولمَّا شبَّ دخل أحد الديورة وأرتسم كاهناً.
وأصبح موضوع ثقة الرهبان وإحترامهم، فأقاموه رئيساً عليهم.
فكان لهم خير أبٍ يقوم أمامهم بجميع الواجبات، ويسوسهم بالمحبة والفطنة.
ولما إشتهرت قداسته، أنتُخب بطريركاً على القسطنطينية سنة ٨٤٦.
ولفرط غيرته على مجد الله وخلاص النفوس قام يقرِّع الخطأة، ولا سيما المشهورين منهم، فإصطدم بالأمير برداس قيصر، خال الملك ميخائيل الثالث، لأنه كان طلَّق إمرأته وسار مسلكاً مشكِّكاً، فمنعه البطريرك من التقدُّم إلى مائدة الخلاص، يوم عيد الظهور، وأعلن حرمهُ.
فغضب برداس وأضمر له الحقد.
وراح يوغر صدر الملك عليه، حتى عزله عن كرسيه ونفاه.
وأقام مكانه فوتيوس المقرَّب من القصر، بعد أن رُقِّيَ الدرجات المقدّسة حتّى الأسقفيّة بستة أيام.